Организация имеет несколько магазинов в разных районах города: нужно ли вставать на учет в каждом районе?

Пунктом 2 этой статьи установлено, что организации и индивидуальные предприниматели, осуществляющие виды предпринимательской деятельности, переведенные на уплату единого налога на вмененный доход, обязаны встать на учет в налоговом органе по месту осуществления предпринимательской деятельности (за исключением отдельных видов предпринимательской деятельности, при которых постановка на учет осуществляется по месту государственной регистрации).

Однако особая оговорка сделана именно в отношении ситуации, описанной в вопросе. Смотрим вместе:

«Постановка на учет организации или индивидуального предпринимателя в качестве налогоплательщика единого налога, которые осуществляют предпринимательскую деятельность на территориях нескольких городских округов или муниципальных районов,  на территориях которых действуют несколько налоговых органов, осуществляется в налоговом органе, на подведомственной территории которого расположено место осуществления предпринимательской деятельности, указанное первым в заявлении о постановке на учет организации или индивидуального предпринимателя в качестве налогоплательщика единого налога».

Следовательно, если Ваша организация или ИП уже зарегистрированы как плательщики ЕНВД на территории данного города, нет необходимости регистрироваться снова в другом районе.

Что же касается места подачи декларации, то ответ на этот вопрос дает пункт 1.2 Порядка заполнения декларации по ЕНВД, утвержденного приложением 2 к Приказу Министерства финансов Российской Федерации от 8 декабря 2008 г. N 137н:

«Декларация представляется налогоплательщиками по итогам налогового периода не позднее 20 числа первого месяца следующего налогового периода в налоговые органы по месту постановки на учет организации или индивидуального предпринимателя в качестве налогоплательщика единого налога»

Следовательно, декларация сдается в тот район города, в котором организация или ИП стоит на учете как плательщик ЕНВД.